Mei no Naisho gira intornu à a vita di u caratteru titulu Mei Haruna, un ghjovanu zitellu effeminatu chì hè statu cresciutu da a so mamma strega cum'è una ragazza, è sempre pensatu à sè stessu cum'è femina. A so mamma era l'unica famiglia chì avia, allora dopu ch'ella sia morta, si trasferisce in un liceu di tutte e ragazze è vene à reside in u dormitoriu di a scola cù u so gattu famosu parlante Abel, è u so cumpagnu di stanza Fuuka Honjou, chì hè ancu membru di u cumitatu di moralità publica. Pocu dopu avè arrivatu à a scola, i so novi amichi scoprenu dopu una mostra magica in u bagnu di a cumunità di dormitori chì hè in realtà maschile, ancu se questu hè un veru scunvore per ellu malgradu ch'ellu sia cusciente di e differenze fisiche trà ellu è e ragazze normali. Malgradu ch'ellu sia statu scupertu, è dopu qualchì intervenzione utili di u presidente perversu di u cunsigliu studientinu, u direttore di a scola decide chì pò stà in a scola. U lindumane, Mei vene à a scola cun Fuuka è si scusa per avè piattatu u fattu ch'ellu era una strega, è informa à l'altri cumu hè apparentemente maschile. L'altri studienti l'accettanu prestu cum'è unu di i soi, è sò impressiunati cumu si pò aduprà a magia.
